Lors de l'aquisition d'un animal provenant d'un commerce animalier, une période d'acclimatation est indispensable à tout individu.
Cette aclimatation se réalise en même temps que la quarantaine, et elle consiste en une période d'observation et d'installation de l'animal lui-même vis à vis de son nouvel environnement. La quarantaine étant pratiquement le contraire, puisqu'elle consiste en la mise en observation de l'animal par son gardien.
L'acclimatation des Ophidiens et des Sauriens, animaux agiles, consiste surtout à habituer ces animaux à leur nouvel espace réduit, où la fuite n'est plus possible. Celle des Chéloniens est plus facile car ils sont moins vifs et se réfugient aisément dans leur carapace.
Chez les reptiles nous avons affaire à des animaux particulièrement sensibles aux stress, qui ont tendance à fuir ou à se dissimuler au moindre dérangement, ou au contraire à adopter un comportement défensif.
Exposer un reptile non acclimaté dans un terrarium, où circulent des personnes à une distance intolérable pour le psychisme de l'animal, se termine presque toujours par un échec, autrement dit sa mort. Sous l'effet du stress, l'animal s'affaiblit et refuse toute nourriture.
Plus les animaux sont agiles et nerveux, plus ils risquent de se blesser en heurtant les vitres et les grillages lors de mouvements de fuite. L'acclimatation de jeunes animaux sera bien plus facile que pour des grands specimens plus âgés. De même que celle d'animaux nés en captivité ne sera quasiment pas nécessaire. Pour obtenir de bons résultats, les conditions offertes à l'animal doivent être optimales, selon les critères déjà cités, mais en plus, il faut éviter le plus possible tout dérangement inutile. Assurer un maximum de calme et de sécurité pendant quelques semaines va aider l'animal à accepter d'abord notre présence et ensuite adopter son nouvel environnement.
Pendant cette période, les animaux doivent disposer de cachettes, et on doit offrir aux Sauriens et Chéloniens le plus grand choix dans le régime alimentaire pour faciliter la reprise de ces habitudes.
Pour les ophidiens, on choisira comme nourriture des proies de taille inférieure à la normale, car le serpent trop nerveux ou se trouvant encore dans une phase d'insécurité va plutôt adopter un comportement défensif et refusera de se nourrir. Les proies leur seront présentées vivantes, mais légèrement assommées, le matin, l'après-midi ou le soir, selon les habitudes de chasse de l'espèce, mais surtout pendant leur activité optimale. Pour éviter les accidents, la proie refusée ne devra jamais rester dans la cage plus d'une heure, et encore moins une nuit entière, si elle est encore vivante. Si le serpent refuse une proie, on doit essayer avec une taille plus petite ou plus grande, dans d'autres conditions de T°, d'éclairage ou à une autre période de la journée. En cas de refus total de nourriture, il ne faut pas hésiter à présenter d'autres animaux qui pourraient servir de proie, car la détection olfactive est fortement développée chez tous les reptiles grâce à leur langue et leur organe de Jacobson. Une petite différence d'odeur peût-être décisive.
Il faudra aussi toujours penser à vermifuger les nouveaux pensionnaires pour éviter toute contamination parasitaire des anciens occupants du terrarium, mais aussi pour une amélioration rapide de l'appétit et donc de l'état d'embonpoint du reptile. Cela se fera en trois prises à trois semaines d'intervalles, renouvelé six mois puis douze mois plus tard. L'administration du vermifuge peut très bien se faire par l'intermédiaire d'une proie si l'animal mange spontanément. De même, un traitement acaricide par pulvérisations répétées chaque semaine pendant toute la quarantaine sera obligatoire à l'arrivée de tout nouvel individu dans un élevage. Ce afin d'éviter la contamination de l'ensemble de l'établissement par les acariens vecteurs de maladies bactériennes et parasitaires graves, mais aussi surtout virales qui se développent généralement de manière explosive et de toute façon toujours dramatiques.