Le choix du substrat mérite une très grande réflexion. Celui-ci doit remplir plusieurs conditions: correspondre au biotope du reptile, être facilement nettoyé ou remplacé, ne pas favoriser le développement de germes pathogènes, être absorbant et confortables pour le reptile et être esthétique aux yeux du public (zoos ou autres)
Par-dessus un sol de béton, de dalles de pierre ou de résine synthétique, il faut réaliser différentes zones en utilisant des substrats variés. De très nombreux matériaux peuvent êtres utilisés: tourbe sèche ou humide, copeaux de bois blanc, fragments d’écorces de pins, feuilles mortes séchées, mousse végétale, gravillons, sables plus ou moins fins, galets, morceaux de roches, dalles de pierre, branches, racines, troncs d’arbre, écorce de liège, etc.
La terre ou le terreau sont à formellement proscrire en tant que substrat car ils favorisent le développement de microbes et de moisissures. Ils ne doivent être utilisés qu’au fond de creux spécialement prévus dans le sol pour des plantations.
Evidemment la reconstitution du biotope naturel de chaque espèce ne sera crédible que si les matériaux utilisés correspondent vraiment à ceux rencontrés dans la nature où vit le reptile concerné

La décoration interne du terrarium, outre le substrat, se compose de branches, de lianes séchées, de racines tortueuses, de rochers et de plantes naturelles vivantes ou artificielles.
Tous les éléments en bois devront être choisis parmi des essences d’arbres non toxiques, c’est à dire ne contenant aucun tanin naturel, comme c’est le cas du chêne, du châtaigner, du noyer qu’il ne faut jamais utiliser. Il est préférable de choisir: du pin, sapin, pommier, poirier, noisetier, des ceps de vigne, des racines de palétuvier. Ces éléments de bois doivent être écorcés, grattés, brossés, et même sablés si possible, et ensuite désinfectés à l’eau de javel.
D’une façon générale, tous les bois flottés retrouvés au bord des lacs et rivières sont utilisables pour les décors de terrarium.
Les plantes naturelles ne doivent pas être toxiques et doivent être plantées dans du terreau recouvert de galets ou de pierres plates afin d’éviter que les reptiles puissent creuser et faire remonter le terreau. Il faut éviter de disposer les plantations au-dessus des câbles chauffants mais plutôt en dessous d’une source lumineuse.
Il faut choisir des plantes dont les exigences biologiques correspondent aux conditions climatiques reconstituées dans le terrarium en question, sans oublier que leur fragilité risque de souffrir des mouvements du reptile.
La disposition des grosses branches dans un terrarium pour reptiles arboricoles, ne doit pas correspondre au courant d’air formé entre deux aérations.
Il est absolument indispensable de construire au moins une cachette par individus détenus dans le terrarium, en écorces, troncs creux ou rochers

Le taux d’humidité des terrariums ou hygrométrie, doit être calqué sur celui d’origine de l’animal concerné.
Les lampes chauffantes assèchent l’atmosphère, alors que le chauffage par le sol disposé sous un bassin va favoriser une forte humidité par évaporation.
Si en plus, on arrose les plantes et on pulvérise les décors, le taux d’humidité sera encore plus élevé dans le terrarium en question.
A partir de là, toutes les combinaisons sont possibles et tous les climats peuvent être reconstitués artificiellement et facilement.

Tout terrarium doit comporter un abreuvoir plus ou moins grand, intégré ou non dans la construction de base, facile à nettoyer et à vidanger.
Cet abreuvoir doit carrément être remplacé par un bassin pour les terrariums de biotopes humides, semis-aquatiques ou aquatiques.
Les abreuvoirs doivent être constitués de matériaux lourds pour ne pas se renverser trop facilement, et ils doivent contenir une pierre allongée remontant jusqu’au bord pour éviter la noyade de certains petits reptiles.
Ceci concerne également les terrariums désertiques hébergeant des reptiles réputés ne jamais boire, car leur comportement en captivité peut parfois être modifié.
Certains animaux de biotopes très humides ne boivent pas dans un abreuvoir mais absorbent les gouttelettes d’eau pulvérisée sur les plantes ou même sur leur propre corps. C’est le cas des petits lézards et serpents de moeurs arboricoles.