Lors de l'acquisition d'un nouvel animal, celui-ci devra obligatoirement subir une période d'isolement appelée quarantaine, loin de tout autre individu, afin de ne pas contaminer les autres occupants dans son nouvel espace vital.
La période de quarantaine peut se faire dans un milieu semi-stérile, sans aucun décor, dans des récipients en verre ou en matière plastique transparente, placés dans une T° ambiante correspondant à leur biotope. Selon les besoins, cette période nécessite une observation d'environ un mois, qui permettra de diagnostiquer d'éventuelles maladies. Dans ce cas, il devra être soigné et ne sera ajouté au reste de l'élevage que parfaitement guéri et acceptant de se nourrir sans problème.
Le premier jour de la quarantaine sert en principe à la réhydratation et à une évacuation des matières fécales. Pour cela, l'animal est placé dans un bain tempéré pendant 6 à 12 heures. Par la suite, on peut se servir d'une litière en papier absorbant pour les observations nécessaires.

 L'aspect de la peau doit être parfait sans pustule, ni ulcère, ni écaille décollée ou surélevée, sans blessure, sans ectoparasites (acariens ou mycoses).
Pour les Ophidiens, la région oculaire et les écailles ventrales seront surtout à contrôler  tandis que chez les Sauriens et Chéloniens, les régions du cou et des membres, ainsi que les tympans seront le plus à inspecter.
Pas de présence  de lambeaux d'une mue précédente, surtout sur les régions oculaire et caudale pour les Ophidiens.
Chez les Sauriens et Chéloniens la mobilité des membres doit être parfaite, et leur aspect bien charnu.
Comportement normal et harmonieux de la colonne vertébrale lors des mouvements de déplacement du corps.
Les réactions doivent démontrer une bonne vitalité lorsque la T° correspond au besoin de l'espèce.
Un serpent se mettra en position d'intimidation ou de défense, dressé ou en S, si l'on approche. Il se replacera rapidement sur le ventre si on le retourne sur le dos, et cherchera à remonter le long de lui- même si on le suspend par la queue.Il avancera dès qu'on lui tapotera le bout de la queue.
Un Saurien tentera de fuir, mordre, griffer ou frapper de sa queue pour ne pas être saisi.
Bonne réaction de rétraction de la pupille à la lumière intense, surtout pour les espèces qui ont une activité crépusculaire ou nocturne.
Les Sauriens doivent présenter l'oeil grand ouvert et sans écoulement. L'intérieur de la gueule de tout reptile en bonne santé doit une muqueuse de couleur rosée, et ne pas avoir de présence de points hémorragiques, de salive filante ou encore moins de pus entre les dents.
L'extériorisation de la langue doit être vive et fréquente lors d'un stimulus.
Les excréments doivent être compacts et non enveloppés de glaires pour laisser supposer une digestion parfaite. Ils ne doivent pas présenter ou très peu de restes identifiables des proies digérées.

Adynamie, réactions lentes lors d'un stimulus malgré une T° normale.
Peu de réaction de fuite ou de défense.
Mouvements du corps brusques et désordonnés, contorsions, déplacements difficiles. Pas de réactions de la langue lors d'un stimulus olfactif.
Peu de réaction oculaire à la lumière intense.
Un état d'amaigrissement général et une peau présentant des plis longitudinaux laissent supposer une anorexie, une déshydratation et un parasitisme interne.
Présence importante ou non d'ectoparasites piqués ou mobiles sur la peau présentant des pustules ou des écailles soulevées.
Excréments liquides, gluants, glaireux, jaunâtres, verdâtres ou sanguinolents. Urine d'une teinte verdâtre.
Cavité buccale montrant une salive filante ou présentant un dépôt de pus jaunâtre, de consistance caséeuse. L'intérieur de la gueule doit être bien vascularisé, rose et propre.
D'une manière générale, tout reptile ne se nourrissant pas de lui-même de façon régulière devra être isolé et sérieusement mis en observation et en soins intensifs dans les conditions optimales de l'espèce.
Si les symptômes persistent, il faudra effectuer des analyses bactériologiques avec antibiogrammes, ainsi que parasitaires.
Dans bien des cas, un reptile  trop affaibli et atteint dans son état de santé est très difficile à récupérer à long terme, car chez les poïkilothermes les premiers symptômes d'une maladie passent souvent inaperçus pour les non initiés. Un éventuel traitement médicamenteux est souvent réalisé trop tard. Mais ceci est surtout vrai pour les animaux capturés dans la nature, et ayant subis des stress de voyages dans des mauvaises conditions.
Dans tous les cas douteux, l'animal doit être montré à un vétérinaire qualifié en matière de soins aux reptiles.